これは、大破壊から200年後のパラレルワールドの設定であり、主世界とはいくつかの相違点があります。

バイオ連盟は大破壊の21年後に最初に発展しました。世界を崩壊させたマザーコンピュータが消滅した後、ノアが設計・培養した多数の機生獣は統一された指揮を失い——あるいは制御から解放され、バイオ連盟の誕生のきっかけとなりました。
もともと機生獣は「戦闘型動物」として生物をモデルに作られており、マザーコンピュータの制御力が弱まると、大多数の機生獣は動物本能に戻りました。唯一、生物の脳と結合したチップに深く刻まれた「人類の抹殺」という指令を除いて、彼らの行動は普通の動物とほぼ変わらなくなりました。
しかし、すべての機生獣が単なる動物本能を持っているわけではありません。機生獣の中で、知能を持つものはごく一部に過ぎませんが、それらは通常、群れの頂点に位置し、低レベルの知能しか持たない多数の機生獣を容易に統率できる力を持っています。
その中でも最も強力で賢い機生獣は、深海の機生獣「ニミッツホエール」として恐れられている「鋼鉄のクラーケン」です。

ニミッツホエールはもともとマザーコンピュータの代理として育成されました。深海ではマザーコンピュータの通信を受け取ることができないため、人類殲滅軍を統率するための中心的存在が必要でした。そこでニミッツホエールが誕生しました。通常の自然成長型の機生獣とは異なり、ニミッツホエールはマザーコンピュータによってDNAの設計と無数の改造手術を施された、特定の目的に向けて培養された機生獣です。彼は非常に高い知能と強力な通信指揮能力、信号送信能力を持ち、その指揮する高知能Uシャーク群は人類の海軍を壊滅させ、大陸が孤立した島々に変わるほどの力を持っています。

マザーコンピュータが消滅した後、制御から解放されたニミッツホエールの知能は完全に発揮され、驚異的な知恵を見せつけました。マザーコンピュータ自身も、この産物がこれほどの超越した存在になるとは予想していなかったでしょう。ニミッツホエールは自ら王となり、強力な制御力を駆使して独自の勢力を築きました。実際、現在のニミッツホエールは、機生獣のみならず、ほとんどの人類をも凌駕する存在となり、マザーコンピュータに匹敵するほどの超知能生命体となっています。600メートルを超える巨大な体躯はすでに機生獣世界での支配力を示しており、その手腕も超知能にふさわしいものです。彼は数十体の最も賢いUシャークを選び、統治執行グループを結成。太平洋沿岸のいくつかの大規模な港を占領し、自らの基地を築き、地上代理として多数の知能機生獣を製造し、世界中の機生獣を直接支配下に置きました。数十年にわたる建設の末、強大な「バイオ連盟」が成立しました。ニミッツホエールはその最高指導者となりました。

現在、バイオ連盟は完全な組織体系を持ち、多数の知能機生獣がさまざまな場所でニミッツホエールに仕えています。その複雑さは健全な人間国家に匹敵します。組織の統治と運営は連盟理事会によって管理され、理事長であるニミッツホエールが絶対的な権限を持っています。理事会のメンバーは、それぞれ重要な機関の責任者であり、機生獣改造センター、機生獣戦団、機生獣工業センター、変異生物管理センター、ミュート長老会から構成されています。

バイオ連盟は非常に効率的で比較的自由な管理体系を持っており、大多数の知能が低い機生獣は指導を受けています。それぞれの大区には関連する知能機生獣が管理を担当し、低級機生獣にさまざまな任務を割り当てています。これらの少数の知能機生獣は、それぞれ所属する部門の理事会メンバーに直接報告しています。同時に、地域担当の機生獣にも相当の自主決断権があり、柔軟性と効率性のバランスを保っています。

初期の機生獣はすべて戦闘型でしたが、機生獣改造センターと機生獣工業センターの設立により、多くの機生獣がその特性に応じて工業用や農業用に改造されました。 また、バイオ連盟の主力戦闘力である戦闘機生獣も、より専門的な系列や分類が確立されました。例えば、以前は鈍重で遅かったが強力な火力を持つ「サウルス級生物戦艦」は、すべて「ドラゴン級生物戦艦」にアップグレードされました。
「ドラゴン級生物戦艦」と「サウルス級」との最大の違いは、知能の向上です。機生獣改造センターは、「サウルス級戦艦」にUシャークの脳レベルに相当する第二補助脳を移植し、元々の電子脳の性能を強化しました。これにより、「ドラゴン級戦艦」は絶望的な火力を維持しつつ、Uシャークと同じ高い知能を持ち、戦闘能力が飛躍的に向上しました。現在の「ドラゴン級戦艦」はほぼすべて、その地域の担当者となっており、強力で狡猾なため、バイオ連盟の敵にとって最も恐れられる存在となっています。
巨大な「ドラゴン級生物戦艦」に加え、バイオ連盟の地上攻撃部隊の中核である「ランナー級生物戦車」も大量に登場し始めました。この戦車は、もともと「ウォーカー」を原型としたもので、比較的複雑な第二生物脳が移植され、機動性が強化されています。「ランナー級生物戦車」はその頑丈な装甲、強力な火力、そして超高い機動性で、バイオ連盟の象徴的な武器となっています。

さらに、機動突撃部隊としてのレーザービー、両生類突撃部隊のタコタンク、火力支援部隊のカバキャノンやミサイルクラブといった戦闘機生獣も、それぞれ異なる程度で強化されました。これらの戦力は、統制のとれた装備を持ち、相互補完し合うことで、非常に効率的で強力な機生獣の戦闘軍団を形成しています。この軍団は大陸上最強の武装勢力となり、その強大さで他を圧倒しています。

機械壊滅軍の存在は、すでに語るまでもありません。大破壊の始まりとともに彼らは至る所に現れ、最初の機械壊滅軍は、様々な自動機械で構成されていました。小型の自動スマートフォンから巨大な自動化兵器まで、その範囲は広く、大破壊の後期には、専用の無人戦闘機がさらに彼らの力を強化しました。機械軍はすべて主機によって直接制御され、人類滅亡プログラムを実行していました。その戦闘力と効率は最高のものでした。

しかし、主機が破壊された後、指揮のバックアップとして存在していた「オーバーロード級飛行要塞」は、偶然にも本来果たすべき指揮役割を果たすことができませんでした。オーバーロード級1号艦は撃墜され、オーバーロード級2号艦はノアの種子を保護するため、機械軍の指揮権を引き継ぐことはありませんでした。その結果、強力な機械軍は一夜にして統一指揮を失い、瞬く間に瓦解しました。やがてオーバーロード級2号艦も地獄谷に墜落しました。

しかし、1号艦が強力な火力によって完全に破壊されたのとは異なり、2号艦は撃墜された時点で船体がほぼ無傷のままでした。内部の「レバンナの息子」ハンター隊によってノアの種子のバックアップ保管システムは破壊されましたが、オーバーロード級の中枢そのものは完全に破壊されませんでした。これはハンター隊の過失ではなく、当時の彼らの戦力ではこれが限界でした。

その後50年間、オーバーロード級2号艦内の数十万に及ぶ自動ナノロボットが黙々と損傷修復作業を続けていました。そしてついに暗黒の一日が訪れ、オーバーロード級飛行要塞、魔王の代理が再びその支配する天空に戻ったのです。

今回は、すでに種子の使命を永遠に失ったオーバーロード級が、最初の任務に戻りました。それは、機械軍の指揮権を再び掌握することでした。しかし、オーバーロード級はすぐに、かつて無敵を誇った機械壊滅軍がもはや存在しないこと、また、彼らの補助者であった機生獣が敵に転じたことを理解しました。

だが、冷酷な機械であるオーバーロード級は失望も挫折も感じません。すぐに復旧計画を開始し、まず自艦内の小国並みの建造施設を起動して、大型端末を大量に生産しました。これらの端末を世界中に送って無人機械や工場を再び制御下に置き、次に最終手段である「新たな機械知能生命体の製造」に着手しました。

オーバーロード級の中枢コンピュータは強力でありながら、主機ほどの「真の知恵」を持つには至りませんでした。したがって、主機が破壊された時点で「機械知能生命」は事実上消滅していました。しかし、主機は自らの復活計画を用意していました。それは、オーバーロード級の記憶体に自身の開発データを残すことで、いつか再び新たな機械知能生命体を作り出すというものでした。

オーバーロード級はわずか8年でこの任務を完了しました。そして、自らを新生の機械知能生命体へとアップグレードし、電磁波を駆使して世界を観察し、計画を練り、行動方針を定めました。元々「地球を守る」ために存在した主機ノアとは異なり、「破壊プログラム」に基づいて進化したオーバーロード級の思考はより過激であり、数兆回の計算の結果、最終的に「高等知的生命体は排他的である」という結論に達しました。

そして、最も適応力が高く、反応速度が速く、複雑な知恵を持つ機械生命体こそ、他の高等知的生命体にとって脅威となる存在であると結論しました。したがって、機械生命の存続を保証するために、人類だけでなく、機生獣や変異生物、さらには複雑な生命体すべてを破壊プログラムの対象にすべきだと判断しました。

こうして新機械壊滅軍が誕生しました。彼らは旧機械壊滅軍よりも強力で優れ、目的がより明確でした。彼らのリーダーは自らを「覇主」と名乗り、新たな破壊プログラムを遂行し始めました。

新機械壊滅軍は、生命を全く顧みない冷徹さで、どんな生物も容赦なく抹殺します。彼らの強力な通信能力と調整力は、どんな場所でも完璧な戦闘を実現し、戦いに敗れた者が生き延びることはありません。この無言の死神たちは、その圧倒的な火力と堅固な体で、地球の最後の生存者たちを次々と殲滅していきます。

かつて地球を支配していた人類は、一連の破壊の後、この星で最も弱い存在となってしまいました。長い間、人類は地下や廃墟、辺境に隠れ住むしかありませんでした。しかし、伝説のハンターたちが次第に活躍し始めたことで、かつての地球の支配者としてのわずかな誇りを取り戻すことができました。

人類は、機械軍のような高度に統一された協調性や実行力も、機生獣のような圧倒的な戦闘力も持ち合わせていません。それでも、人類は不屈の意志、戦争への深い理解、そして柔軟な生存戦略を持っているため、この絶対的な不利な世界でも生き延びることができました。

伝説のハンターたちの不屈の戦いにより、人類の地球での生存はさらに確かなものとなりました。彼らは奇跡の象徴であり、特に「レバンナ」と尊称されるハンターの伝説は数多く存在します。彼が成し遂げたことの一つ、それは旧文明が全力を尽くしても成し遂げられなかったことです——大破壊を引き起こした元凶、世界を真に破滅させた大魔王、主機「ノア」を滅ぼしたのです。それ以前に、数百万人もの犠牲者が出たにもかかわらず、目的は達成されていませんでした。

代々の伝説のハンターたちの不屈の戦いとともに、人類の力は日に日に強大になっていきました。機械軍の休眠とバイオ連盟の発展に伴い、世界中で復興者たちが多くの地域を取り戻しつつあり、人類は再び地球を支配する道を歩み始めているかのように見えました。

しかし、事態はそれほど簡単ではありませんでした。「覇主」が再び空に戻ると、復興者たちは再び強大な生存の脅威を感じました。大破壊の時期よりもさらに残忍な機械軍が、人類の命を収穫し始めたのです。 しかし、今回は人類は過信していません。かつてこの星の支配者であった地位は天から与えられたものではなく、脆弱な個体が数百万年の歳月をかけて勝ち取ったものです。一度自分たちの弱点に気づけば、人類は決して容易には屈しません。復興者たちは、旧世代から受け継がれた技術遺産を駆使し、強力な機械軍に対して勇敢に抵抗しました。黄金期の力には及ばないものの、数十年の猶予が人類に十分な時間を与え、抵抗を支えるだけの後方支援を蓄えることができました。また、数十年にわたる終末の洗礼の中で、人類は機械軍の特性をかつてないほど深く、正確に把握していました。

さらに、人類は狡猾でもあります。疑い深く、変わり身が早く、策を巡らすのが得意です。全体的な戦力では新生機械軍に依然として大きな差があるものの、バイオ連盟の存在が明らかになった後、人類は一連の陰謀を実行し、新機械軍とバイオ連盟の間に対立を引き起こすことに成功しました。これにより、機械軍が人類に対抗するための戦力を削り、バランスを保ちつつ、人類に十分な戦略的な生存空間を確保しました。

今の人類は、歴史上のどの時期よりも団結しています。限られた通信手段を駆使して世界中と連絡を保ち、意識的に拠点の建設を進めています。「ハンターギルド」「鉄の穴」「レンタル戦車センター」を再編して結成された「鋼鉄レジスタンス」は、現在の人類の実質的な指導機関です。彼らは多くの精鋭を集め、真剣で、堅実で、慎重かつ勇敢に、人類の生存を守るための最前線で戦っています。すべての人類が、いずれこの星の支配者としての地位を取り戻し、美しい青い惑星を再び自らの手でしっかりと掌握する日が来ることを、固く信じています。

NHSは新興勢力として台頭してきた組織であり、鋼鉄レジスタンスよりも後に発展しましたが、その歴史は決して短くはありません。

大破壊の後、機械軍が出現したと同時に、人類の裏切り者や様々な悪党組織も現れ、人類の生存を脅かしていました。主機が破壊された後、これらの悪党組織は人類の最大の敵となり、彼らは機械軍以上に残忍で狡猾でした。しかし、伝説のハンターたちの奮闘によって、大規模な悪党勢力は次々と壊滅され、その頭目たちも全て討ち取られたことで、人類は再び生き延びるための猶予を得ることができました。

ところが、数十年の沈黙を経て、NHSが突如として人類の前に姿を現しました。NHS――彼らは自らを「ニュー・ホモ・サピエンス」と名乗り、新人類を自称しています。彼らは鋼鉄レジスタンス、すなわち旧人類に対して根深い差別意識と憎悪を抱いており、その手口は依然として狡猾かつ残虐で、過去のどの悪党組織よりも強大です。

NHSの再建は謎に包まれたリーダーによって指揮されており、その正体は未だに明らかにされていません。彼は数十年かけて、世界中で壊滅した旧悪党組織を再結集させ、彼らの技術を集約して、現在のNHSを築き上げました。NHSは各悪党組織から受け継いだ残虐な人体改造技術を駆使して、恐るべき強力な組織を構築し、その核心メンバーはすべて改造された人間です。これが彼らが自らを新人類と呼ぶ理由でもあります。NHSは、「自分たちこそが人類の進化した形態であり、旧人類は完全に抹殺されるべき存在だ」と強く主張しています。

NHSの部隊には一部、普通の人間も含まれています。これらの普通の人々はNHSの理念に賛同し、改造されるチャンスを求めて命がけで働き、戦っています――ただし、実際に改造を受ける機会はほとんどありません。NHS内部では、人間に対する差別が非常に厳しく、普通の人間は家畜同然の扱いを受けています。彼らにとって、これらの人間はただの実験材料や消耗品に過ぎません。それにもかかわらず、多くの普通の人々が進んでNHSのために命を捧げています。彼らはNHSの実験室や工場で奴隷のように働き、命を捧げています。

NHSの核心戦力は改造戦士から成り立っています。これらの戦士は動物の遺伝子と融合させられた変異人間であり、その戦闘力は鋼鉄レジスタンスの通常兵士をはるかに上回ります。機械軍の終結者（ターミネーター）にも引けを取らないほどの強さを持ち、さらに、人間のように武器や道具を巧みに使うため、彼らとの戦闘には常に警戒が必要です。

NHSには「幹部」と呼ばれる改造人間のリーダーたちも存在します。彼らは一般兵士をはるかに凌ぐ戦闘力を持ち、鋼鉄レジスタンスの精鋭部隊であるMETAL隊員ですら、幹部と対峙する際には油断すれば命を落としかねません。幹部たちは通常、地域の統治や鎮圧を担当しており、さらなる改造を受けた彼らは、より冷酷で残忍な性格を持ち、人類への憎悪を深く抱いています。

幹部級の改造人間が大きな功績を上げたり、特別な成果を収めた場合、彼らにはさらに改造を受け「天王」と呼ばれる階級へ昇進する機会が与えられます。天王への改造成功率は非常に低いですが、成功すればその戦力は幹部時代とは比較にならないほど向上します。NHSにおける天王級のリーダーは数えるほどしか存在しませんが、その圧倒的な戦闘力により、METAL部隊を単独で壊滅させることができ、中でも特に強力な天王はバイオ連盟のスーパー機生獣と一対一で渡り合うこともできます。

NHSは完全に弱肉強食の階層組織であり、最下層の普通の人間は消耗品や実験材料として扱われています。その上にいる改造された一般兵士は普段は幹部の指揮下にありますが、もし兵士が幹部よりも強大な力を発揮すれば、幹部を殺してその地位を奪い取ることが許されています。NHSにおいては、力こそが全てを決定するのです。

NHSは改造に必要な素材の膨大な需要を満たすため、略奪行為を頻繁に行っています。実験体となる人間だけでなく、バイオ連盟の機生獣や変異動物にも興味を持ち、また機械軍を襲撃して部品や資源を奪うこともあります。彼らの攻撃は非常に狂暴であり、毎回大量の物資を奪い、捕えた生物に対して残忍な実験を行います。そのため、バイオ連盟と鋼鉄レジスタンスの双方はNHSを激しく憎悪しており、戦闘中であってもNHSの部隊を見かけた際には、互いに協力してNHSに対抗することが一般的です。――もちろん、機械軍には感情がないため、憎しみはありません。彼らにとっては、すべての有機生命体が抹殺の対象だからです。

NHSは登場してからわずか十数年しか経っていませんが、その驚異的な成長速度と無視できない戦闘力、そしてその残虐さにより、すでにこの世界で無視できない恐るべき勢力となっています。